Den vesentlige forskjellen er at en CT-maskin benytter røntgenstråler, mens en MR-maskin sender ut radiobølger og danner et magnetfelt. I tillegg vil ikke et CT-røntgen gi like gode kontraster som en MR-undersøkelse. Begge undersøkelsene er helt smertefrie for pasienten.
Det er den medisinske problemstillingen som avgjør hvilken type maskin (MR eller CT) som egner seg best i hvert enkelt tilfelle.
| CT | MR | |
| Teknologi | Røntgen | Magneter og radiobølger. |
| Risikoer | Potensial for strålingseksponering | Ikke for dyr med pacemaker |
| Prosedyretid | Mindre enn et minutt. | 20 til 40 minutter |
| Område | CT scann | MRI scann |
| Bløtvev | Begrenset oppløsning for bløtvev. | Eksepsjonell detalj av mykt vev. |
| Bein | God visualisering av beinstrukturer. | Mindre detaljerte bilder av beinstrukturer. |
| Kontrast | Lavere kontrast mellom ulike bløtvev. | Høy kontrast mellom ulike bløtvev. |
| Hjerne | Mindre detaljerte bilder av hjernen. | Overlegen visualisering av hjernestrukturer. |
| Ryggmarg og nervesystemet | Begrenset visualisering av ryggmargen. | Tydelig skildring av ryggmargens anatomi. |
| Ledd | Begrenset detalj av ledd. | Utmerket detaljer av ledd. |
